晶体将大量相同分子的微弱散射信号有序放大，使蛋白质的孔道、活性位点、相互作用界面和配体结合方式成为可解析的原子结构。
H₂O
NDI
水通道孔径 · 四聚体装配 · NDI 相关变异
“X 射线晶体学提供高可信度的原子结构证据，但晶体中的平均结构并不等同于蛋白质在生理环境中的完整动态状态。”
Experimental structural biology
NMR不是直接“看见”结构，而是从原子级频谱中提取约束，重建溶液中的结构与动态。
STRUCTURAL METHODS · SINGLE-PARTICLE CRYO-EM
数十万至数百万个低信噪比颗粒投影经过挑选、分类、取向估计和平均，最终重建一个或多个结构类别。
四聚体通道结构揭示孔区、装配界面与ADPKD变异的三维环境。
ion accessibility pathway
二聚体膜结构揭示离子可及通路与配位区域。
STRUCTURAL METHODS · CELLULAR CRYO-ET
对同一个玻璃化区域进行多角度低剂量成像，可以保留膜、细胞骨架和蛋白复合物的天然空间上下文。
正负电荷残基匹配，形成稳定相互作用。
相互作用被破坏，结构失稳并受到负选择。
新的残基组合恢复结构兼容性；这只是可能路径，MSA 不告诉实际先后。
大量物种中富集的组合成为残基共变或进化耦合信号。
Row-wise attention 比较同一序列内的位置关系；column-wise attention 比较不同物种在同一位点的替换模式。
Outer product mean 把 MSA 信息注入 pair 表征；triangle update 让残基对关系满足整体几何约束。
CASE 1 · Cryo-ET + AF2
Cryo-ET 在接近天然状态下观察裂孔膜周期性鱼网结构，AF2 候选模型帮助把原位密度解释为 nephrin-Neph1 异源二聚体交叉组装。
CASE 3 · Structure-guided targeting
从 KIM1 损伤靶点出发，结合结构信息、AI 筛选与功能验证，形成 TKP-4 肾脏靶向递送的结构指导筛选链。
